Desde el punto blanco del penal Bogotá fue eliminado de la Copa Postobón; luego de empatar agónicamente la serie frente a Cúcuta Deportivo 2-2, el cuadro motilón ganó 4-3 desde los once metros. Aún así, la campaña de Bogotá en el certamen que agrupa a los equipos del Torneo y la Liga fue más que buena.
Después de quedar en el último lugar del grupo D en las ediciones anteriores, la Copa del 2012 trajo victorias para Bogotá; el “león capitalino” venció a Millonarios y a Santa Fe y se clasificó segundo de su grupo, superado sólo por La Equidad, dejando al club embajador, flamante campeón de 2011, eliminado.
La clasificación capitalina se basó en la disciplina táctica del equipo, su efectividad en el ataque y a una curva ascendente en su rendimiento en el campo, ya que aunque el equipo no empezó bien, al correr las fechas lo visto en la cancha y los resultados fueron mejorando.
Bogotá F.C., creado a finales de 2003 luego de adquirir la ficha deportiva de Cóndor F.C., tuvo que enfrentarse con Cúcuta Deportivo en octavos de final. Aunque en el partido de ida, jugado en Yopal, el equipo capitalino cayó 2-1, en el partido de vuelta atacó y obligó al elenco nortesantandereano a defenderse por largos tramos del partido. A pesar de ello, el gol sólo llegó en el minuto 94.
Con el empate global, la serie debió definirse desde el punto penal. Allí, la experiencia del equipo dirigido por Oscar Héctor Quintabani se impuso y la visita siguió con vida en la Copa Postobón después de vencer 3-4 al equipo amarillo.
Junto a las campañas de 2007 y 2010 en el Torneo Postobón, en las cuales Bogotá estuvo muy cerca de llegar a la final del ascenso, su participación en la Copa Postobón 2012 quedará como uno de sus mayores logros deportivos de la joven institución capitalina.
Después de la eliminación en Copa Postobón, a manos del Atlético Bucaramanga, ahora se piensa en terminar de la mejor forma el Torneo Postobón II 2012 y llegar al campeonato del 2013, siendo equipo de la primera división.