Como en los años anteriores, los treinta y seis equipos de la rama profesional estarán divididos en seis grupos, cada uno de seis equipos ubicados estratégicamente por las diferentes zonas del país.

En el grupo de Antioquia, la zona B, saló el equipo Once Caldas de Manizales para darle paso al nuevo club del Torneo Postobón, Sucre Fútbol Club, el cual reemplaza al desde ya desaparecido Pacífico FC.

En el grupo D de Bogotá, sale Centauros que pasó de jugar en Villavicencio (Meta) a Popayán (Cauca), por lo que esta plaza la usará el Expreso Rojo que juega en Soacha – Cundinamarca.

Del mismo modo en la zona E salió el ya mencionado desaparecido Pacífico FC., que jugaba en Buenaventura, para darle paso a Universitario de Popayán, antiguo Centauros de Villavicencio.

Por último en el grupo F, salió el Expreso Rojo para conformar la zona D, y llega el Once Caldas de Manizales, institución del eje cafetero que jugará ante los dos equipos de su región, Deportivo Pereira y Deportes Quindío.

Así quedaron conformados los grupos para la Copa Postobón 2012

GRUPO A
(Costa)
Atlético Junior (Barranquilla)
Real Cartagena (Cartagena)
Unión Magdalena (Santa Marta)
Barranquilla FC (Barranquilla)
Uniautónoma FC (Sabanalarga)
Valledupar FC (Valledupar)
* 2 equipos de Liga Postobón y 4 de Torneo Postobón.

GRUPO B
(Antioquia y Sucre)
Atlético Nacional (Medellín)
Deportivo Independiente Medellín (Medellín)
Envigado FC (Envigado)
Deportivo Rionegro (Rionegro)
Itagüí Ditaires (Itagüí)
Sucre FC (Sincelejo)
* 4 equipos de Liga Postobón y 2 de Torneo Postobón.

GRUPO C
(Santander y Boyacá)
Cúcuta Deportivo (Cúcuta)
Atlético Bucaramanga (Bucaramanga)
Real Santander (Santander)
Alianza Petrolera (Barrancabermeja)
Boyacá Chicó (Tunja)
Patriotas Boyacá (Tunja)
* 3 equipos de Liga Postobón y 3 de Torneo Postobón.

GRUPO D
(Bogotá)
Millonarios (Bogotá)
Santa Fe (Bogotá)
Equidad Seguros (Bogotá)
Academia FC (Bogotá)
Bogotá FC (Bogotá)
Expreso Rojo (Soacha)
* 3 equipos de Liga Postobón y 3 de Torneo Postobón.

GRUPO E
(Valle, Cauca y Nariño)
América (Cali)
Deportivo Cali (Cali)
Dépor FC (Cali)
Cortuluá (Tuluá)
Deportivo Pasto (Pasto)
Universitario de Popayán (Popayán)
* 3 equipos de Liga Postobón y 3 de Torneo Postobón.

GRUPO F
(Eje Cafetero, Neiva, Ibagué, Zipaquirá)
Once Caldas (Manizales)
Deportes Quindío (Armenia)
Deportivo Pereira (Pereira)
Atlético Huila (Neiva)
Deportes Tolima (Ibagué)
Fortaleza FC (Zipaquirá)
* 5 equipos de Liga Postobón y 1 de Torneo Postobón.